"Cazadores de sombras: Ciudad de hueso" sigue la historia de Clary Fray, una adolescente de 15 años que vive en Nueva York. Su vida normal da un giro inesperado cuando, en un club nocturno llamado Pandemonium, presencia un asesinato cometido por un grupo de chicos con extrañas habilidades. Sin embargo, solo ella parece ver lo que ha sucedido. Poco después, su madre es secuestrada, y Clary se ve envuelta en un mundo que nunca supo que existía: el de los cazadores de sombras, guerreros que protegen a la humanidad de demonios y criaturas sobrenaturales.
Clary se encuentra con Jace Wayland, uno de los cazadores de sombras, quien la ayuda a entender su nuevo entorno. Junto a él y sus amigos, Isabelle y Alec, Clary descubre que tiene un vínculo especial con este mundo, así como poderes que no comprende del todo. A medida que se adentra en la vida de los cazadores de sombras, también aprende sobre su familia, incluyendo secretos oscuros que la conectan con la historia de los cazadores.
La búsqueda de su madre la lleva a enfrentar a Valentine, un antiguo cazador de sombras que ha caído en el lado oscuro y que busca recuperar la Copa Mortal, un artefacto poderoso que puede crear más cazadores de sombras a partir de humanos. Clary y sus amigos deben atravesar varios desafíos y enfrentarse a criaturas fantásticas, mientras desentrañan las verdades ocultas sobre su pasado.
A medida que la historia avanza, Clary no solo lucha por encontrar a su madre, sino que también comienza a comprender su identidad y su lugar en el mundo. En el clímax de la novela, se revela un sorprendente giro: Clary tiene un poder único que podría cambiarlo todo. El libro concluye con Clary decidida a enfrentarse a su destino, armada con el conocimiento de quién es realmente y con el apoyo de sus amigos cazadores de sombras.