"El alquimista" inicia la saga de Los secretos del inmortal Nicholas Flamel y sigue las aventuras de dos gemelos, Sophie y Josh Newman, quienes trabajan en una librería en San Francisco. Su vida cambia drásticamente cuando un extraño llega a la tienda: Nicholas Flamel, un famoso alquimista que ha vivido durante más de 600 años. Flamel está buscando el famoso libro de los alquimistas, el Codex, que contiene secretos sobre la inmortalidad y poderosos hechizos.
Los problemas comienzan cuando un enemigo antiguo, el mago Dr. John Dee, busca el Codex para obtener el poder del libro y liberar a las criaturas malignas que desea controlar. Dee captura a Sophie y Josh y planea usar a Sophie, quien tiene un don especial, para sus propios fines. Con la ayuda de Flamel, los gemelos deben escapar y descubrir los secretos del libro antes de que sea demasiado tarde.
A lo largo de la historia, los personajes se enfrentan a criaturas mitológicas, incluyendo a la temible Medea y a un monstruoso hombre lobo. Sophie y Josh comienzan a comprender sus propios poderes mientras Flamel les enseña sobre la alquimia, la magia y la historia oculta que rodea a su familia.
El viaje lleva a los protagonistas desde San Francisco hasta París, donde intentan reunir a sus aliados y enfrentarse a Dee. La historia culmina en una batalla épica donde se ponen a prueba la lealtad, la valentía y la magia. Al final, aunque logran escapar de la amenaza inmediata, el futuro de los gemelos y el mundo de la magia queda en peligro, dejando la puerta abierta para más aventuras en los siguientes libros de la serie.